1、核定扣除农产品进项税：
《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号印发）规定，农产品增值税进项税额扣除率为销售货物的适用税率。
因此，2019年4月1日以后，如果你公司销售的货物适用增值税税率为13%，则对应的扣除率为13%；如果销售的货物适用增值税税率为9%，则扣除率为9%。
试点纳税人纳税申报时，应将《农产品核定扣除增值税进项税额计算表（汇总表）》中“当期允许抵扣农产品增值税进项税额”合计数填入《增值税纳税申报表附列资料（表二）》第6栏的“税额”栏，不填写第6栏“份数”和“金额”数据。
2、凭票扣除农产品进项税：
增值税一般纳税购进农产品，可凭增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票抵扣进项税额。
增值税一般纳税人从农业生产者购进农业生产者自产的农产品，可依据收购发票或免税的增值税普通发票，按票面金额*9%计算抵扣进项税；如果购入农产品用于加工适用13%税率的货物的，可以在领用时加计1%计算抵扣进项税。
