请款单和报销单的区别主要体现在含义、结构和用途的不同。
1、用途不同：
(1)请款单：请款单指申请付款，用于向外部单位付款，金额较大的。
(2)报销单：报销单一般用于内部人员垫付后，拿发票等报销凭证报销的。比如：养路费等。
2、含义不同：
(1)请款单：请款单是请予付款的申请单据。是财务支付款项的原始凭证。
(2)报销单：报销单是科研项目经费开支报销单 。
3、结构不同：
(1)请款单：请款单可根据具体情况自行设计，有标题，请款事由，日期等。
(2)报销单：项目名称 、项目编号、类别、经费开支清单、支出科目、金额(元)、开支用途简要说明。请款单作为单位内部因业务发生向有关领导进行申请的传递凭证，一般应经过单位内部审批流程，部门和分管领导审核，最后由主管领导签字批准，财务以此作为付款的依据。
